Site logo

Общие сведения:

  • Научно-исследовательский центр Биоинформатики - НИЦ Биоинформатики (Bioinformatics Research Center of Pavlov University - BRC-PU).
  • НИЦ Биоинформатики был основан в 2014 г. по инициативе ректора ПСПбГМУ им. акад. И.П.Павлова, доктора медицинских наук, профессора, академика РАН С.Ф. Багненко с целью развития наиболее современных и перспективных направлений в медицине и биологии в ПСПбГМУ им. акад. И.П.Павлова. Основной сферой деятельности Центра Биоинформатики является применение методов биоинформатики в клинической практике и развитие медицинской биоинформатики в целом.

Руководитель:

  • Петухова Наталья Витальевна, к.б.н.;
    e-mail: petuhovanv@1spbgmu.ru;
    тел.: +7(981)123-95-91.

Адрес:

  • Ул. Льва Толстого, д. 6-8, 28 корпус.

Основные направления:

  • Обработка и анализ результатов секвенирования следующего поколения (NGS), разработка пайплайнов;
  • Прогнозирование эффекта вариантов неопределённого значения у пациентов;
  • Разработка специализированных утилит и приложений в медицинской статистике и биоинформатике;
  • Сравнительная геномика и протеомика;
  • Молекулярное моделирование и структурная биоинформатика.

Статьи:

  1. D. S. Bug, I. S. Moiseev, Y. B. Porozov, N. V. Petukhova, Front Mol Biosci. 11 (2024). doi:10.3389/fmolb.2024.1441180.
  2. K. N. Semenov et al., Journal of Molecular Liquids. 125743 (2024). doi:10.1016/j.molliq.2024.125743.
  3. O. V. Goloshchapov et al., Biomedicines. 12, 1566 (2024). doi:10.3390/biomedicines12071566.
  4. Ю. Н. Кузнецов et al., Clinical Oncohematology. 17, 213–224 (2024). doi:10.21320/2500-2139-2024-17-3-213-224.
  5. O. V. Goloshchapov et al., Journal of Pediatric Hematology/Oncology. 46, 287–296 (2024). doi:10.1097/MPH.0000000000002896.
  6. V. V. Sharoyko et al., Journal of Molecular Liquids. 401, 124702 (2024). doi:10.1016/j.molliq.2024.124702.
  7. T. Gindina et al., CTT. 12, 29–35 (2023). doi:10.18620/ctt-1866-8836-2023-12-3-29-35.
  8. D. S. Bug, T. F. Subbotina, A. N. Narkevich, N. V. Petukhova, A. A. Zhloba, J Evol Biochem Phys. 59, 1566–1576 (2023). doi:10.1134/S0022093023050095.
  9. D. Bug, A. Narkevich, N. Petukhova, Journal of Bioinformatics and Genomics, 7 (2023). doi:10.18454/JBG.2023.21.2.
  10. J. A. Gavira et al., mBio. 14, e03363-22 (2023). doi:10.1128/mbio.03363-22.
  11. N. Petukhova, A. Zabelkin, V. Dravgelis, S. Aganezov, N. Alexeev, in Comparative Genomics, 13234, 221-231 (2022). doi:10.1007/978-3-031-06220-9_13.
  12. D. S. Bug, A. V. Tishkov, I. S. Moiseev, Y. B. Porozov, N. V. Petukhova, Cells. 10, 2357 (2021). doi:10.3390/cells10092357.
  13. D. S. Bug, A. V. Tishkov, I. S. Moiseev, N. V. Petukhova, Current Issues in Molecular Biology. 43, 605–617 (2021). doi:10.3390/cimb43020044.
  14. I. S. Moiseev et al., PLoS ONE. 16, e0248430 (2021). doi:10.1371/journal.pone.0248430.
  15. D. Bug et al., ICS. 6, 50–59 (2020). doi:10.31799/1684-8853-2020-6-50-59.
  16. N. Y. Tsvetkov et al., Clinical Oncohematology. 13, 170–175 (2020). doi:10.21320/2500-2139-2020-13-2-170-175.
  17. D. S. Bug et al., Genes. 11, 1242 (2020). doi:10.3390/genes11111242.
  18. J. Liu et al., Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention. 28, 348–356 (2019). doi:10.1158/1055-9965.EPI-17-0984.
  19. M. Petukh, I. B. Zhulin, Proteins. 86, 1165–1175 (2018). doi:10.1002/prot.25597.
  20. O. Adebali et al., J Bacteriol. 199 (2017), doi:10.1128/JB.00218-17.
  21. O. Adebali, A. O. Reznik, D. S. Ory, I. B. Zhulin, Genetics in Medicine. 18, 1029–1036 (2016). doi:10.1038/gim.2015.208.

Участие в конференциях:

  1. XVIII Международный симпозиум памяти Р. М. Горбачевой «Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток. Генная и клеточная терапия», Санкт-Петербург, 19-21 сентября, 2024 г.
  2. XI всероссийская конференция с международным участием «Актуальные вопросы доклинических и клинических исследований лекарственных средств и клинических испытаний медицинских изделий», Санкт-Петербург, 25-26 апреля, 2024 г.
  3. XXIX Congreso Sociedad Española de Microbiología, Burgos, Spain, June 25-28, 2023
  4. Bone Marrow Transplantation, Prague, Czech Republic, March 19-23
  5. Computational biology & Artificial intelligence for personalized medicine 2022, Москва, 2-4 августа 2022
  6. EHA2022 Congress, Vienna, Austria, June 9-12, 2022
  7. The 19th Annual Satellite Conference of RECOMB on Comparative Genomics, La Jolla, USA, May 20-21, 2022
  8. XI Конгресс молодых ученых, Санкт-Петербург, 4-6 апреля 2022 г.
  9. XXVII Всероссийская конференция молодых учёных с международным участием "Актуальные проблемы биомедицины - 2021", Санкт-Петербург, 25-26 марта 2021 г.
  10. VI Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием "Генетика опухолей кроветворной системы - от диагностики к терапии", Санкт-Петербург, 28-29 мая 2021 г.
  11. IV международная конференция "NGS в медицинской генетике", Суздаль, 24-26 апреля 2019 г.
  12. XVI Санкт-Петербургская международная конференция "Региональная информатика (РИ-2018)", Санкт-Петербург, 24-26 октября 2018 г.
  13. XXIV Всероссийская конференция молодых учёных с международным участием "Актуальные проблемы биомедицины - 2018", Санкт-Петербург, 12-13 апреля 2018 г.

Программы для ЭВМ:

  1. Свидетельство о гос. Регистрации программы для ЭВМ 2023685071
  2. Свидетельство о гос. Регистрации программы для ЭВМ 2023684743

Центр Биоинформатики участвует в грантах:

  • Грант РНФ 22-15-00149 “Изучение роли вирусов и бактериофагов в развитии кишечного дисбиоза и антибиотикорезистентности бактерий при инфекционных колитах у онкологических пациентов” (2022-2024).
  • Грант РНФ 17-75-20145 “Поиск потенциальных терапевтических мишеней и биологических факторов прогноза у пациентов с миелодиспластическим синдромом” (2020-2022).

Наша команда:

Наталья Витальевна Петухова

к.б.н., руководитель Центра

e-mail: petuhovanv@1spbgmu.ru

Игорь Борисович Жулин

к.б.н.

e-mail: igor.jouline@gmail.com

Артём Валерьевич Тишков

к.ф.-м.н., старший научный сотрудник

e-mail: tishkovav@1spbgmu.ru

Дмитрий Сергеевич Буг

младший научный сотрудник

e-mail: bug.dmitrii@yandex.ru

Наши студенты:

  • Дарья Кузовенкова, СПбПУ: "Исследование патогенности мутации V281L в гене CYP21A2 при врожденной гиперплазии надпочечников" (2022).
  • Светлана Мильруд, ИТМО: "Assessment of unresolved PIK3CA missense variants associated with cancer by comparative genomics" (2022).
  • Артём Амосов, ИТМО: "Assessment of unresolved NOTCH gene family variants by comparative genomics" (2022).
  • Виолетта Коныгина, ИТМО // Анна Стомова, ПСПбГМУ им. И.П.Павлова: "Analysis of next generation sequencing data of patients cohort with rare diseases" (2022).
  • Мария Горбач, ПСПбГМУ им. И.П.Павлова: "Реконструкция эволюционного развития хлорных каналов - суперсемейства генов CLCN" (2021).
  • Алёна Приходько, ПСПбГМУ им. И.П.Павлова: "Построение и апробация биоинформатического пайплайна для определения клональных профилей при миелодиспластическом синдроме" (2020).